První písemná zmínka o Lipci pochází z r. 1347. Později (1409) se připomíná vladyka Zdeněk z Lipce. Obec byla i ve vlastnictví významného českého šlechtice Diviše Slavaty z Chlumu a Košumberka, který se proslavil v rebelii roku 1547 proti císaři Ferdinandu Habsburgskému. Po potlačení povstání mu byl majetek zkonfiskován.
Dalším významnějším držitelem panství byl Jan Klusák z Kostelce, jehož zbožná manželka Žofie zde dala postavit roku 1597 kostel Nejsvětější Trojice. Po roce 1607 byl Lipec prodán císaři Rudolfu II. a připojen ke komornímu panství Poděbrady, kde zůstal až do roku 1848. Další léta patřil k okresu Nový Bydžov. Po reformě roku 1960 k okresu Kolín. Od roku 1990 je Lipec samostatnou obcí.